A transgenia supera limitações do cruzamento convencional porque permite a transferência direta de genes de interesse sem depender da recombinação integral dos genomas parentais, podendo empregar técnicas como transformação mediada por Agrobacterium e biobalística.

A transgenia se distingue do melhoramento convencional por dispensar avaliação de risco e controle legal específico, já que a inserção gênica direta elimina os riscos associados ao manejo e à destinação do produto obtido.

A transformação mediada por Agrobacterium e abiobalística são técnicas restritas à modificação de características nutricionais, não sendo empregadas para caracteres associados à resistência a pragas e doenças.

O melhoramento convencional apresenta como principal vantagem, em relação à transgenia, a transferência exclusiva do gene desejado, sem cointrodução de outros genes e sem limitações impostas pelo isolamento reprodutivo entre espécies.