A identificação de cistos de protozoários e ovos de helmintos pode ser realizada diretamente em amostras fecais, sem a necessidade de ampliação microscópica, devido às dimensões dessas estruturas.

A visualização de estruturas internas, como núcleos e vacúolos em protozoários, ou o detalhamento de ovos e larvas de helmintos exige o uso de microscopia óptica e o emprego de corantes específicos, como o lugol ou a hematoxilina férrica.

O diagnóstico parasitológico de helmintos intestinais requer obrigatoriamente o cultivo prévio da amostra em meios de cultura seletivos e diferenciais por um período de 48 horas antes da análise microscópica das lâminas.

As lâminas preparadas para exames parasitológicos devem ser submetidas à esterilização em autoclave antes da observação microscópica, visando preservar a integridade das membranas celulares e das espículas dos ovos.

A caracterização morfológica dos parasitos intestinais humanos só é considerada fidedigna quando realizada através de microscopia eletrônica de varredura, sendo a microscopia óptica de luz insuficiente para a distinção de espécies.