Cada dispositivo em um sistema de arquivos contém um diretório que lista a localização dos arquivos no dispositivo. Todos os dispositivos utilizam um diretório em um único nível para facilitar a nomeação dos arquivos, de forma que cada arquivo tenha um nome exclusivo.

Os discos magnéticos e ópticos são segmentados em vários volumes, cada um deles contendo um sistema de arquivos, que é montado nas estruturas de nomeação do sistema para se tornar disponível. O esquema de nomeação allnames é padrão para a maioria dos SOs.

Como os arquivos são o principal mecanismo de armazenamento de informação, sua proteção é necessária. O acesso aos arquivos pode ser controlado separadamente para cada um dos 4 tipos de acesso possíveis: leitura, gravação, execução e remoção. A proteção é suprida por senhas de acesso.

O compartilhamento de arquivos depende da semântica fornecida pelo sistema. Os arquivos podem ter múltiplos leitores, múltiplos gravadores ou apresentar limites ao compartilhamento. Sistemas de arquivos distribuídos permitem que hospedeiros clientes montem volumes ou diretórios a partir dos servidores, desde que possam acessar um ao outro através de uma rede.

Um diretório em níveis cria um diretório separado para os arquivos de cada usuário. A implementação natural de um diretório em níveis é um diretório estruturado em árvore binária, que permite que um usuário crie diversos subdiretórios para organizar seus arquivos.