O armazenamento prolongado só pode ser realizado quando se adotam corretamente as práticas de colheita, limpeza, secagem, combate a insetos e prevenção de fungos. Por isso é fundamental que o processo de limpeza dos grãos seja realizado previamente ao armazenamento para que se garanta a qualidade e a uniformidade da massa de grãos.

Para se prevenirem perdas durante a armazenagem, alguns princípios básicos devem ser observados, como a construção de estruturas armazenadoras tecnicamente adequadas e dispondo de equipamento de termometria e aeração, e também garantir a ausência de pragas e micro-organismos, assim uma praga que ocorre durante o armazenamento de grãos é a Anticarsia gemmatalis

Mesmo com os avanços tecnológicos, o armazenamento em espiga, na palha, e o convencional, em sacaria, ainda se constituem nos principais métodos utilizados pelos produtores de milho no Brasil, principalmente os pequenos.

Armazenamento em silos ou em armazéns equipados com eficientes sistemas de termometria, aeração e/ou outros recursos para manutenção de qualidade dos grãos, são as formas mais empregadas por cooperativas, agroindústrias e grandes produtores. Se bem dimensionados e manejados corretamente, esses sistemas podem ser empregados também por médios e pequenos produtores.