O acesso físico aos animais é mais difícil e demorado para as colônias SPF.

A manutenção de camundongos sob condições de barreiras estritas requer procedimentos de manejo mais elaborados e equipamentos especiais, resultando em maiores custos.

Em certos experimentos, particularmente aqueles envolvendo o sistema imune, as infecções virais ou parasitárias podem afetar os resultados das pesquisas, mesmo quando os animais estiverem aparentemente saudáveis.

As linhagens oriundas de outros centros de bioterismo ou de outros pesquisadores devem ser rederivadas pela técnica de rederivação cesariana, a qual é preconizada internacionalmente com a finalidade de limpeza sanitária.

Nas colônias SPF, os animais são mais saudáveis e vivem mais, pois são livres de infecções; em colônias infectadas com MHV, apesar de a maioria dos animais não se mostrar clinicamente infectada, pode-se observar com frequência a morte de camundongos jovens com 2-3 semanas de idade.