As lagunas são sistemas costeiros parcialmente fechados, onde ocorre a mistura da água doce de rios à água salgada do mar, formando uma massa de água salobra. A grande quantidade de nutrientes transportada pelos rios é assimilada pelo fito plâncton, permitindo o desenvolvimento de grande biomassa de zooplâncton, que, por sua vez, serve de alimento a organismos maiores.

Os mangues são áreas de sedimento fino que sofrem a ação das marés e apresentam vegetação típica. No sedimento, habita expressiva fauna bentônica, especialmente caranguejos, que são explorados por comunidades locais. As árvores típicas de mangue estabilizam o sedimento entre suas raízes e troncos, processo no qual também são aprisionados poluentes, evitando que estes contaminem as águas costeiras adjacentes.

Estuários são ambientes ecologicamente similares aos manguezais, mas, diferentemente destes, ocorrem nas zonas temperadas. Desenvolvem-se na região entremarés, permanecendo parcialmente inundados pela maioria das preamares (maré alta), e caracterizam-se por cobertura vegetal herbácea, predominantemente do gênero Spartina. Formam habitats relevantes para moluscos, crustáceos, insetos, peixes, aves e mamíferos.

A vegetação de restinga, característica da Zona Costeira, estabiliza o sedimento entre suas raízes e troncos, processo no qual também são aprisionados poluentes, evitando que estes contaminem as águas costeiras adjacentes. Além disso, atenuam os efeitos de tempestades nas áreas costeiras e abrandam a energia das ondas e das marés que, de outra forma, ressuspenderiam os sedimentos das áreas costeiras mais rasas.