O objetivo central do Fundo Amazônia é promover projetos para a prevenção e o combate ao desmatamento e também para a conservação e o uso sustentável das florestas na Amazônia Legal.

Apesar do foco principal do Fundo ser contribuir para a prevenção, monitoramento e combate ao desmatamento das florestas na Amazônia Legal, ele promove também a implementação de sistemas de monitoramento e controle do desmatamento no Brasil fora da Amazônia Legal e em outros países tropicais.

A captação de recursos para o Fundo Amazônia é condicionada pela redução das emissões de gases de efeito estufa oriundas do desmatamento, ou seja, é preciso comprovar a redução do desmatamento na Amazônia para viabilizar a captação de novos recursos.

Em dezembro de 2019 foi publicado o Relatório de avaliação de meio termo da efetividade do Fundo Amazônia, que compreende o período de 2008 a 2018. Essa avaliação foi realizada por uma equipe de consultores independentes, com a coordenação técnica da Comissão Econômica para a América Latina e o Caribe – CEPAL, da Organização das Nações Unidas (ONU) e conclui que existem evidências claras de que o Fundo Amazônia tem contribuído para reduzir o desmatamento na Amazônia.

O Ministro do Meio Ambiente, Ricardo Salles, manifestou recentemente que a permanência de Daniela Baccas como chefe do Departamento de Meio Ambiente responsável pela gestão do fundo será imprescindível para a efetivação de algumas mudanças. Reiterou ainda que o fundo arrecadou R$ 1,2 bilhão da Noruega, seguido pela Alemanha (que desembolsou R$ 68 milhões) e a Petrobrás (R$ 7 milhões).