O cultivo de milho Bt, em comparação ao uso de inseticidas químicos, é considerado mais vantajoso, pois este não exerce qualquer tipo de pressão seletiva sobre as populações de pragas.

Embora o milho Bt seja eficiente contra lagartas que se alimentam das espigas do milho, não apresenta o mesmo desempenho contra as lagartas desfolhadoras.

O uso contínuo e repetido de lavouras Bt pode promover a resistência em pragas polífagas, como a Helicoverpa zea.

As concentrações de toxinas Bt no milho são uniformes, garantindo eficácia constante contra a praga em todas as fases do desenvolvimento da planta.

A produção de proteínas Bt nas espigas de milho é sempre alta e consistente, independentemente da idade da planta.