Em relação à qualidade do tratamento endodôntico, a indicação cirúrgica deve ser baseada na possibilidade de reintervenção. A via convencional sempre deve ser a escolha inicial frente à abordagem cirúrgica.

Em caso de fraturas radiculares, a indicação cirúrgica deve se basear no nível e no sentido do traço de fratura. Assim, as fraturas no terço médio e as oblíquas contraindicam o procedimento cirúrgico.

Em relação à reabilitação protética, a indicação cirúrgica se baseia na resistência mecânica do remanescente radicular. O procedimento, em situações de amputação apical, deve ser a ressecção, no máximo, dos últimos 3 mm apicais.

Na osteotomia perirradicular, a cirurgia parendodôntica é indicada somente quando o volume ósseo retirado permite uma posterior reabilitação por implante.

Em situações de infecção na fase aguda ou supurativa, a profilaxia antibiótica envolve a administração de 1 g de amoxicilina ou 600 mg de clindamicina, 1 hora antes da intervenção.