A Administração do Ministério Público do Estado do Tocantins tem a seguinte estrutura organizacional: Procuradoria-Geral de Justiça, Colégio de Procuradores de Justiça, Conselho Superior do Ministério Público, Corregedoria-Geral do Ministério Público, Centros Integrados, Procuradorias de Justiça, Promotorias de Justiça.

Aos Centros Integrados, órgão auxiliar do Ministério Público, estão vinculadas as unidades administrativas descritas no seu regimento interno.

As Procuradorias de Justiça serão integradas por Gabinetes de Procurador de Justiça, sendo que, não dispondo a lei em contrário, cada cargo de Procurador de Justiça corresponderá a uma Procuradoria de Justiça.

Organizar recortes de jornais e revistas de matérias de interesse do Ministério Público do Estado do Tocantins, bem como elaborar súmula das notícias semanais de interesse do Ministério Público, providenciando racionalmente a distribuição, após aprovação do Chefe de Gabinete, entre outras, é competência das Secretarias.

Organizar a agenda de solenidades e as viagens do Procurador-Geral de Justiça do Estado do Tocantins, entre outras, é competência da Assessoria Especial de Cerimonial.