ausência de registro fóssil devido a baixa taxa de fossilização do exoesqueleto fragmentado.

grande diversificação indicativo de radiação adaptativa e portanto, de eventos consecutivos de especiação dificultando o aparecimento de sinapomorfias claras para as diferentes linhagens do grupo.

dimorfismo sexual, por vezes extremo, necessitando de testes com marcadores moleculares ou testes de cruzamento para confirmação da coespecificidade.

a antiguidade da radiação das grandes linhagens que ocorreu há mais de 500 milhões de anos, favorecendo o aparecimento de homoplasias que tendem a mascarar as sinapormorfias das linhagens.

os debates acalorados, em reuniões científicas, impossibilitam o estabelecimento de propostas filogenéticas unânimes.