Proteger as plantas contra os herbívoros e contra a infecção por microrganismos.

Agir como atrativos (odor, cor ou sabor) para animais polinizadores e dispersores de sementes.

Atuam como agentes na competição planta – planta.

Atuam nas simbioses plantas – microrganismos.

Além das funções acima citadas, pode-se afirmar que a capacidade de competição e sobrevivência das plantas é afetada pelas funções ecológicas dos seus metabolitos secundários, exercendo relevante papel na agricultura.