A patogenia do líquen plano oral envolve principalmente agressão aos queratinócitos da camada espinhosa por linfócitos CD8.

O aspecto histopatológico mais típico do líquen plano é a presença de um infiltrado inflamatório de predomínio neutrofílico, disposto em banda na lâmina própria papilar, adjacente à interface epitéliomesênquima da mucosa.

Na imunofluorescência direta espera- se encontrar fluorescência de fibrinogênio em disposição linear ou em franja ao longo da região de membrana basal.

A forma com maior chance de evolução para um carcinoma espinocelular é a forma reticular.