A coloração por Coomassie Blue é a mais indicada para análise de eletroforese bidimensional, em função de seu alto grau de sensibilidade.

A coloração por prata é a mais indicada para análise de eletroforese bidimensional acoplada à espectrometria de massa, em função de seu alto grau de sensibilidade.

A coloração de Coomassie Blue é a mais indicada para análise de eletroforese bidimensional acoplada à espectrometria de massa, uma vez que as proteínas não se fixam de forma irreversível ao gel.

A coloração por prata deve ser evitada quando a intenção é submeter as proteínas separadas eletroforeticamente à detecção por espectometria de massa em função do alto teor de spots falsos positivos detectados após o tratamento com nitrato de prata.

A coloração por Coomassie Blue é a mais indicada apenas em situações onde a detecção das proteínas será realizada por meio da purificação e do sequenciamento manual dos spots de interesse, uma vez que, com esta técnica de coloração, são necessárias quantidades muito grandes de proteínas, o que inviabilizaria sua aplicação com métodos de detecção mais sensíveis.