As amostras biológicas devem ser secadas após desidratação com série de alcoóis (30, 50, 75, 95, 100%) utilizando processos de secagem por ponto crítico, no qual a água e o freon podem ser utilizados como fluidos de transição.

As amostras devem ser recobertas com metal condutor depois da montagem. As metodologias de cobertura envolvendo evaporação termal, por ácido tânico e ósmio, são mais vantajosas do que aquelas envolvendo ouro, platina ou paládio.

As amostras devem ser montadas em pequenos aparatos metálicos (stubs) que devem ser limpos com soluções oleosas antes das amostras serem recobertas com metais condutores e inseridas no microscópio de varredura.

As amostras podem ser estocadas à temperatura ambiente sem a necessidade de dissecadores.

Por meio da metodologia de criofratura, o interior de células pode ser observado por microscopia eletrônica de varredura. Neste processo, amostras são crio-protegidas em soluções de dimetil-sulfóxido antes do congelamento em nitrogênio liquído.