A utilização de sondas marcadas com fluorocromos em uma reação de PCR em tempo real é, na maioria das vezes, mais específica do que a utilização de corantes de DNA fluorescentes como SYBR green.

A técnica de PCR em tempo real pode ser utilizada para se monitorar a carga do microorganismo presente no indivíduo infectado.

Tanto as sondas do tipo TaqMan quanto as do tipo molecular beacons são oligonucloetídeos que possuem um fluoroforo ligado à extremidade 5' e um quencher ligado à extremidade 3'.

No PCR em Tempo Real, entende-se por ∆Rn a diferença entre o valor da detecção da reação contendo a amostra de interesse (Rn+) e o valor da detecção da reação controle sem amostra (Rn-).

Para as reações de PCR em tempo real multiplex utilizadas para diagnóstico molecular, pode-se utilizar tanto sondas quanto SYBR Green para a detecção dos produtos amplificados.