Cada dispositivo em um sistema de arquivos contém um índice de volume ou um diretório do dispositivo que lista a localização dos arquivos. A criação de diretórios é muito útil para permitir a organização dos arquivos.

Um diretório em um nível de um SO multiusuário causa problemas de nomeação porque cada arquivo deve ter um nome exclusivo. Um diretório em dois níveis permite criar um diretório separado para os arquivos de cada usuário, e pode ser estruturado em árvore.

As estruturas de diretório em grafo geral permitem que os usuários compartilhem subdiretórios e arquivos, mas complicam a busca e a exclusão. Uma estrutura de grafo cíclico resolve este problema, mas exige coleta de lixo para recuperar espaço não utilizado.

O compartilhamento de arquivos depende da semântica oferecida pelo sistema. Os arquivos podem ter múltiplos leitores, múltiplos gravadores ou apresentar limites ao compartilhamento.

O acesso aos arquivos pode ser controlado separadamente para cada tipo de acesso: leitura, gravação, execução, acréscimo, remoção, listagem de diretório etc. A sua proteção pode ser suprida por listas de acesso, senhas e outras técnicas.