Em seres humanos, a intensidade do sinal na RMN independe da presença de água nos tecidos sãos e nos tecidos lesionados.

O método envolve uso de radiação ionizante, o que representa uma desvantagem em sua aplicação diagnóstica.

A técnica blood oxygen level dependent contrast baseia-se nas propriedades dia ou paramagnéticas da oxi e desoxiemoglobina e nas variações em suas concentrações relativas nas áreas onde ocorre aumento de fluxo sanguíneo decorrente de atividade neural.

Embora uma das suas aplicações esteja relacionada ao estudo das macromoléculas biológicas, a RMN não é recomendada para a análise de proteínas.

A RMN é pouco empregada para detectar alterações patológicas em certas estruturas humanas, como o osso.