A extensão, ou polimerização, envolve a ativação do Taq Polimerase seguida da síntese de novas cadeias.

A desnaturalização, na qual ocorre o aumento da temperatura com a finalidade de romper as pontes de hidrogênio e, assim, permitir a abertura da dupla fita.

O posicionamento, no qual são determinadas frações que são quantificadas por densitometria ou eluição, em que é gerado um gráfico de forma que as bandas podem ser comparadas, possibilitando qualquer sinal de desequilíbrio

O anelamento, que realiza a ligação dos primes na região particular que se quer amplificar e é definido pela redução da temperatura.