O Instituto de Economia Agrícola (IEA) desenvolveu e utiliza a estrutura de custo operacional, conceituado como despesas efetivamente desembolsadas pelo agricultor mais a depreciação de máquinas e benfeitorias específicas da atividade, incorporando-se outros componentes de custos, que visam obter o custo operacional total de produção e viabilizar a análise de rentabilidade no curto prazo.

O custo de comercialização é composto pelos custos diretos (mão-de-obra, materiais, operações de máquinas), que podem ser calculados com exatidão, não havendo com relação a eles qualquer restrição; já os custos indiretos, que se associam diretamente à atividade (mão-de-obra indireta, depreciação de máquinas e construções, administração, serviços, etc.) são o custo operacional efetivo.

Desconsiderando-se os impostos, entre outros, visando uma simplificação, pode-se dizer que o preço de venda é constituído do custo de produção mais o lucro, de tal forma que, considerando na agricultura que os produtores são tomadores de preço, o lucro será maior ou menor dependendo do custo, item sobre o qual o empresário não tem condições de atuar.

Na apropriação correta de custos, no custo operacional total não deverá ser contabilizado a depreciação de máquinas e os juros de custeio.