A fauna do solo, no entanto, pode influenciar os processos do solo por meio de duas vias principais: diretamente, pela modificação física da serapilheira e do ambiente do solo e, indiretamente, pelas interações com a comunidade microbiana.

A movimentação de um animal no interior do solo pode ocorrer por escavação, muito utilizada por artrópodes de um modo geral, e que consiste na utilização das pernas, que podem ser ou não especializadas para essa atividade. Esse tipo de locomoção é facilitado em solos argilosos, que não oferecem muita resistência ao deslocamento.

A movimentação de um animal no interior do solo pode ocorrer pela retirada de partículas ou pequenos agregados, como ocorre com os cupins de terra solta (e.g. Syntermes sp.) e formigas saúvas (Atta sp.).

A movimentação de um animal no interior do solo pode ocorrer pela ingestão do solo, que atravessa todo o tubo digestivo e é eliminado na forma de fezes, tendo como resultado a formação de galerias.

As microteias alimentares compreendem a microfauna predadora de bactérias e fungos e seus predadores. Em virtude do seu tamanho reduzido, a microfauna não é capaz de produzir excrementos sólidos que gerem estruturas duradouras e estáveis após a sua deposição. No entanto, esses organismos possuem um impacto considerável na dinâmica populacional de microrganismos e na liberação de nutrientes imobilizados na biomassa microbiana.