Devido à maior facilidade de sequenciamento de seus aminoácidos, das proteínas existentes é possível obter maior número de estruturas secundárias que de estruturas primárias.

Por meio da técnica de modelagem de proteínas ab initio, é possível prever a estrutura tridimensional de uma proteína a partir de sua estrutura primária.

No estudo das estruturas de proteínas, a homologia entre sequências de aminoácidos implica em semelhança orgânica.

A estrutura tridimensional de proteínas homólogas não precisa se conservar, pois a existência do ancestral comum não afeta a manutenção da função da proteína.

A modelagem por homologia e métodos teóricos, como a ressonância magnética nuclear, são alguns dos métodos experimentais empregados para o estudo da estrutura tridimensional das proteínas.