Uma das principais características da EMT é que ela atravessa o crânio sem desvio, permitindo uma estimulação ampla e difusa, capaz de atingir grandes profundidades no tecido cerebral.

Dependendo da frequência de pulso utilizada, podem ocorrer diferentes tipos de modulação do tecido cerebral, sendo que os pulsos em torno de 1Hz têm função estimulatória e os de 5Hz ou mais têm função inibitória cortical.

Os principais efeitos adversos da EMT são a cefaleia e as alterações cognitivas, em especial a amnésia global transitória, que configura o efeito colateral mais grave da EMT.

Atualmente, a EMT está aprovada no Brasil para o tratamento dos transtornos ansiosos, do humor e para o tratamento da psicose quando refratários ao tratamento medicamentoso.

As contraindicações ao uso da EMT incluem a presença de metais, como clipes de aneurismas, implantes cocleares, epilepsia mal controlada ou condições que favoreçam o risco de convulsões.