Para patógenos que permanecem viáveis livres no solo, como o Rhizoctonia solani, que causa o tombamento de plântulas e a morte em reboleira, é importante priorizar a rotação de culturas com plantas como milho ou sorgo.

Para patógenos que permanecem viáveis por longos períodos, como os esclerócios de Sclerotinia sclerotiorum, que causam o mofo branco, a rotação de culturas com plantas como milho ou sorgo não é recomendável.

Se houver incidência de Sclerotinia sclerotiorum, o girassol, o nabo forrageiro e a canola devem ser incluídos no esquema de rotação de culturas. Isso ocorre porque essas plantas não são hospedeiras do patógeno e podem diminuir a sua incidência no solo.

A rotação de culturas entre soja e tremoço (branco, amarelo ou azul) é recomendada caso haja a presença de Diaporthe phaseolorum var. meridionalis, o causador do cancro da haste na soja.

A rotação da soja com espécies suscetíveis, como o milheto, pode ajudar a elevar a incidência de doenças como a mancha parda (Septoria glycines) e o crestamento foliar (Cercospora kikuchii) na cultura da soja.