Segundo a Lei nº 9.985/2000 (Sistema Nacional de Unidades de Conservação - SNUC), as UCs dividem-se em dois grupos com particularidades distintas, são eles: unidades de proteção integral e unidades de uso sustentável nos termos do artigo 7°. As unidades de proteção integral têm por objetivo básico a conservação e preservação da natureza, restringindo desse modo, o uso de seus recursos de forma indireta, ou seja, uso que não envolve o consumo, coleta, dano ou destruição dos recursos naturais existentes, com exceção apenas para casos previstos no §2°, art. 7°, da referida Lei. Em equivalência, as unidades de uso sustentável possuem por finalidade harmonizar a conservação da natureza com o uso sustentável de parte dos recursos naturais existentes, conforme previsão do §2°, art. 7°, da referida Lei.

De acordo com o Art. 2° da Lei 9.985/2000, as unidades de conservação devem dispor de um Plano de Manejo. A referida Lei determina Plano de Manejo como um documento técnico mediante o qual, com fundamento nos objetivos gerais de uma unidade de conservação, se estabelece o seu zoneamento. Assim, o Plano de Manejo deve abranger a área da unidade de conservação e sua zona de amortecimento. Sendo que o Plano de Manejo de uma unidade de conservação deve ser elaborado no prazo de três anos a partir da data de sua criação.

Conforme a Lei 9.985/2000, o zoneamento corresponde à divisão de zonas em uma unidade de conservação com objetivos de implantação, tendo o propósito de proporcionar os meios e as condições para que todos os objetivos da unidade possam ser alcançados. Assim, o Zoneamento Econômico-Ecológico (ZEE) subsidia propostas de criação de unidades de conservação sob o planejamento econômico e ambiental.

As diretrizes e instrumentos de gestão de UCs podem ser divididos em Diretrizes de Gestão, através do manejo, conservação e pesquisa das demandas e prioridades para gestão das unidades; e Instrumentos de gestão, por meio do Plano de Manejo e Zoneamento através da gestão pública das UCs.