Uma das dificuldades observadas no controle químico de doenças de plantas é a redução da eficiência dos produtos no campo, decorrente de seu uso continuado, especialmente quando estas aplicações são freqüentes em extensas áreas. Este processo ocorre principalmente com os fungicidas sistêmicos no controle de doenças causadas por fungos e com os antibióticos utilizados no controle de doenças causadas por fitobactérias. As causas desta redução de eficiência são: