Foi eleito presidente da República, com o apoio da União Democrática Nacional (UDN), tendo como vice o candidato da oposição João Goulart

Para derrotar a inflação, Jânio adotou uma política econômica ditada pelo FMI (Fundo Monetário Internacional): restringiu o crédito e congelou os salários.

Tentando aproximar-se do bloco comunista, Jânio condecorou com a Ordem do Cruzeiro do Sul a Ernesto Che Guevara, o guerrilheiro argentino que tomara parte na revolução cubana e era então ministro daquele país.

Por ocasião do golpe militar de 1964, teve seus direitos políticos cassados por dez anos. Retornou à política após a anistia, e em 1982 candidatou-se, sem sucesso, ao governo de São Paulo. Em 1985 suicidou-se na cidade de São Paulo.