Cabe ao órgão da administração pública responsável pela coordenação da Política de Assistência Social na União, nos Estados, no Distrito Federal e nos Municípios gerir o Fundo de Assistência Social, sob orientação e controle dos respectivos Conselhos de Assistência Social.

Os fundos de assistência social caracterizam-se como fundos autônomos e se constituem em unidades orçamentárias e gestoras, cabendo o seu gerenciamento aos conselhos de política de assistência social de cada município.

Todo o recurso repassado aos Fundos seja pela União ou pelos Estados e os recursos provenientes dos tesouros estaduais, municipais ou do Distrito Federal deverão ter a sua execução orçamentária e financeira realizada pela administração central com acompanhamento dos respectivos fundos.

Devem ser inscritos no CNPJ, na condição de filial, com o intuito de assegurar maior transparência na identificação e no controle das contas a eles vinculadas, sem, com isso, caracterizar autonomia administrativa e de gestão.