A tensão de aceleração do elétron é crítica para a formação das imagens. Com a amostra inclinada, o caminho percorrido pelo feixe de elétrons dentro da amostra varia entre duas a três vezes a espessura total da amostra. Tensões de aceleração convencionais rapidamente deterioram a qualidade da imagem a grandes inclinações. Por isso, são recomendadas tensões intermediárias (200 kV a 400 kV) ou alta tensão (1,0 MV).

A intensidade da corrente sobre o filamento é crítica para a formação das imagens. Uma vez que um grande número de imagens é obtido em um curto intervalo de tempo, todas as imagens devem apresentar índices de intensidade diferenciados para que seja possível a sua reconstrução tridimensional. Recomenda-se corrente entre 43 :A e 63 :A.

A rotação do écran é crítica na formação da imagem tridimensional. Como as imagens são adquiridas em diferentes posições em um intervalo de tempo definido, o equipamento deverá obrigatoriamente estar equipado com um écran motorizado que permita a rotação da imagem dentro dos parâmetros estabelecidos para a tomografia de elétrons.

O diâmetro do feixe de elétrons é crítico para a formação das imagens. Como a tomografia de elétrons se baseia na montagem tridimensional de imagens de alta resolução, o microscópio deverá estar equipado com um oscilador de diâmetro de feixe em uma faixa que varia de 10 nm a 100 nm, para formar imagens com resoluções suficientes para serem utilizadas nessa análise.

A intermitência do feixe é crítica para a formação das imagens. O feixe de elétrons deve oscilar em uma frequência de 40 Hz, de forma que a câmara de captura de imagem(CCD) possa capturar as variações de sombras produzidas nos pontos da imagem devido à oscilação do feixe de elétrons, formando imagens individuais de alta resolução.