A hibridização direta com sondas de DNA é amplamente utilizada nos laboratórios de diagnóstico, devido à sua alta sensibilidade para detecção de baixos níveis de ácidos nucleicos virais.

A detecção por PCR em tempo real, utilizando SYBR Green®, permite diferenciar com precisão produtos específicos de amplificação por meio da análise da curva de dissociação (melting curve).

A principal limitação da PCR convencional é a sua incapacidade de detectar produtos de amplificação múltiplos, tornando-a inadequada para testes multiplex.

O método de sondas de hidrólise é assentado na hibridização de sondas de DNA marcadas com corantes fluorescentes que emitem luz apenas após a ligação covalente ao DNA viral.

A amplificação isotérmica mediada por alça (LAMP) exige o uso de um termociclador devido à necessidade de ciclos de temperatura bem definidos.