O controle da presença de microrganismos na cavidade bucal influenciando o processo de cárie, ou sendo influenciado por fatores orgânicos salivares, imunológicos e quimioterápicos, deve ser considerado para o estabelecimento de estratégias preventivas, já que a simples presença de microrganismos na cavidade bucal, seja na saliva ou na placa bacteriana, é um fator determinante para o aparecimento da "doença" cárie.

A cariogenicidade da dieta é determinada pela presença de carboidratos, principalmente a sacarose, que servem de substrato para que os microrganismos da cavidade bucal sintetizem polissacarídeos extracelulares com um importante papel na formação da placa e, também, na produção de ácidos orgânicos, que promovem a desmineralização do esmalte e podem desencadear o processo de cárie.

A suscetibilidade do indivíduo pode ser determinada por fatores extrínsecos e intrínsecos. Os fatores extrínsecos estão relacionados à estrutura sociocultural na qual o indivíduo está inserido . Os fatores intrínsecos estão relacionados como fluxo, composição e capacidade tampão da saliva, aspectos hereditários e imunológicos.

A importância dada à presença do microrganismo na cavidade bucal, principalmente do estreptococos mutans, como uma medida da suscetibilidade do indivíduo à cárie, merece reconsiderações. Sabe-se que esse microrganismo, apesar de ser importante, não é o único que pode participar no desenvolvimento da lesão e que somente a sua presença na placa dentária, num dado momento, não explica a variação na experiência de cárie, podendo ser facilmente neutralizado com os métodos de controle da placa dentária.