O ambulatório de saúde ocupacional de cada empresa deve ser organizado de acordo com a realidade de atendimento aos seus trabalhadores, considerando o número, sexo e atividade exercida por eles dentro da empresa.

O ambulatório de saúde ocupacional deve dispor de salas de acordo com a atividade desenvolvida, sendo imprescindível manter salas de medicação, curativo, expurgo e esterilização.

Independentemente da característica do ambulatório, todos devem seguir normas padronizadas de higiene e limpeza das salas, pois se trata de um local com risco biológico.

O ambulatório de saúde ocupacional deve seguir as normas estabelecidas pela Vigilância Sanitária de cada município, que fará a expedição para liberação do alvará de funcionamento.