Para o armazenamento de arquivos, o Windows possui estrutura de diretórios rígida, sendo desnecessário e impossível ao usuário criar diretórios próprios.

No Linux, arquivos com terminações diferentes, indicando terem sido gerados por programas diferentes, devem ser armazenados em diretórios específicos e distintos.

Uma das formas para otimizar o uso do espaço em disco é a compactação de arquivos, que pode ser feita por meio de programas específicos para tal finalidade, tais como o WinZip e o RAR.

No Linux, os arquivos são armazenados com prazo de validade. Ao se encerrar o prazo de armazenamento demandado, caso não seja feito o backup, o arquivo é excluído do sistema de armazenamento.