Eles são importantes na agricultura criando relações interespecíficas benéficas como verificadas, por exemplo, na produção de compostos nitrogenados que são absorvidos por plantas leguminosas.

A indústria de laticínios utiliza a capacidade aeróbica de alguns desses organismos para produzir queijos.

Podem ser parasitas ocasionando doenças como Leishmaniose.

Uma das parasitoses causadas por representantes deste grupo é a cólera. Sua transmissão é causada por picada de insetos contaminados.

São parasitas obrigatórios causadores de doenças nos seres vivos e atuando no controle do crescimento indiscriminado de algumas populações.