As amostras devem ser transportadas para o laboratório executante em até 24 horas, em temperatura ambiente (20 a 25 ºC) ou sob refrigeração (2 a 8 ºC) em até 48 horas.

A higienização com água e sabão neutro da região genital antes da coleta é dispensada para pacientes adolescentes do sexo masculino e feminino.

O primeiro jato, da primeira urina da manhã é o método de coleta usual para os pacientes ambulatoriais, incluindo os casos em que o pedido médico solicita urgência.

Em crianças sem o controle esfincteriano, após higiene genital e anal, deve-se fixar o saco coletor assepticamente, trocando-o a cada 30 minutos e repetindo a higiene a cada troca.

A conservação da amostra com ácido bórico ou outro agente bacteriostático disponível comercialmente é um recurso utilizado para pacientes com sondagem vesical, evitando assim resultados falso-positivos.