O epitélio juncional repousa contra o esmalte e estende-se para a junção cemento-esmalte. Se houver retração gengival, o epitélio juncional não repousará sobre o cemento.

Caso seja realizada uma gengivectomia e o epitélio juncional seja completamente removido, durante a cicatrização, uma nova margem gengival e um novo epitélio juncional serão formados, esteja a gengiva sobre o esmalte, a dentina ou o cemento.

O epitélio juncional é muito forte e forma uma barreira contra sondagens. Suas células são menores que as do epitélio oral.

Ao contrário das células epiteliais queratinizadas do sulco, as células do epitélio juncional não podem ligar-se, via hemidesmossomos, à superfície dentária.