É utilizada para a pesquisa de antígenos no soro, como ocorre no exame FTA-ABS-IgM, solicitado para diagnóstico da rubéola congênita.

A expressão de resultado deve ser reagente ou não reagente, uma vez que o conjugado fluorescente não é sensível o suficiente para permitir diluição do soro e informar a titulação encontrada.

Os principais fluorocromos utilizados são o Azul de Evans e a lisamina-Rodamina B, ao passo que o isocianato de fluoresceína, por apresentar alta sensibilidade e gerar resultados falso-positivos, teve seu uso descontinuado.

Baseia-se na capacidade das moléculas de antígeno ou anticorpo se ligarem covalentemente a fluorocromos, sem perderem a reatividade específica com o conjugado.

É muito utilizada para o rastreamento inicial de autoanticorpos circulantes, sendo preconizada a denominação de imunofluorescência indireta em células Hep-2 (IFI HEp-2), substituindo o mnemônico “fator antinúcleo (FAN)” ou tendo-o como sinonímia.