Uma vez instituído o Órgão Especial, todas as atribuições do Colégio de Procuradores de Justiça passam automaticamente a ser exercidas por ele.

O Órgão Especial, quando cabível, é composto exclusivamente por Procuradores de Justiça eleitos pelo Colégio de Procuradores, vedada a participação de membros natos.

Mesmo quando instituído o Órgão Especial, permanecem como atribuições exclusivas do Colégio de Procuradores de Justiça, entre outras, opinar sobre matéria relativa à autonomia do Ministério Público, propor a destituição do Procurador-Geral de Justiça e eleger o Corregedor-Geral do Ministério Público.

Os membros do Conselho Superior do Ministério Público devem integrar obrigatoriamente o Órgão Especial, em razão da simetria entre os órgãos da administração superior.