A cirurgia para o tratamento da perfuração descrita somente será indicada se o tratamento via canal radicular for malsucedido.

Se a perfuração ocorrer na região da curvatura da raiz mesiovestibular, na parede distal, no final do processo de preparo do canal, quando do uso de um instrumento rotarório, e for observada hemorragia no canal, deve-se preencher os canais com pasta de hidróxido de cálcio e adiar a finalização do tratamento por três a sete dias. Na próxima sessão, deve-se remover o curativo de demora, obturar os outros canais de maneira convencional. Em seguida, o canal perfurado poderá ser cuidadosamente obturado pela técnica da condensação lateral, utilizando-se um cimento à base de hidróxido de cálcio ou óxido de cálcio, ou ser preenchido totalmente com MTA e ter sua entrada selada com cimento de ionômero de vidro.

Se a perfuração for de médio ou grande calibre e localizar-se no soalho da câmara pulpar, o selamento imediato será a melhor opção, mesmo antes de se continuar o tratamento endodôntico. Nesse caso, o material selador mais bem indicado será o MTA, aplicado sobre uma barreira de hidróxido de cálcio.

Se a perfuração localizar-se abaixo da inserção gengival e acima do nível ósseo, deve-se colocar um tampão com hidróxido de cálcio no local perfurado e fazer a reconstrução interna da coroa com material restaurador do tipo ionômero de vidro.

Se a perfuração ocorrer na coroa, no nível supragengival, estará indicada a reconstrução coronária interna e externa com materiais restauradores habitualmente empregados pela dentística.

No canal mesiovestibular, há necessidade de se utilizar movimentos de instrumentação anti-curvatura. Os instrumentos de NiTi, por terem baixo módulo de elasticidade, são os mais indicados para essa manobra.

Após o preparo, a forma final do segmento apical dos três canais deve ser cônica, com seção transversal seguindo a conformação externa correspondente a cada raiz.

Um preparo cervical deve ser realizado para facilitar a limpeza e a dinâmica dos instrumentos posteriores. Esse preparo pode ser realizado com instrumentos rotatórios de NiTi, chegando-se até à metade do comprimento de cada canal. As características dos instrumentos utilizados para essa finalidade, de modo a se obter o maior rendimento são: conicidade de 0,04 mm/mm para os canais mésio e distovestibulares e de 0,06 mm/mm para o canal palatino, com diâmetro D-zero igual a 0,20 mm ou 0,25 mm.

Apesar da execução da patência apical, o limite apical de instrumentação deve ser o mais próximo de 1 mm do ápice radicular radiográfico, nos três canais.

Ao entrar com instrumento endodôntico (lima), deve-se proceder, de imediato, à patência dos canais mesiovestibular e palatino, devido ao fato de ela estar relacionada a uma lesão periapical, deixando-se o distovestibular para uma etapa posterior.